Analyse morphologique de tissus
Histologie quantitative pour mesurer le développement des organes
L’utilisation de l’analyse d’images en biologie de développement permet de suivre des paramètres morphologiques durant le développement des organes et des tissus. Les exemples suivants illustrent le développement chez la souris des glandes mammaires dans la phase embryonnaire et chez l’adulte.
Structure du bourgeon mammaire
La formation des bourgeons mammaires est mesurée comme l’indique le schéma suivant.
- Dorsal ectoderm (d.ect., vert)
- Ventral ectoderm(v.ect., jaune)
- MR core (c, orange)
- MR periphery (p, rouge)
- MR neck (n, violet)
- Mammarymesenchyme (m.m., turquoise)
- Dermalmesenchyme(d.m., bleu)
Effets des mutations génétiques dans les bourgeons mammaires
Les 5 paires de bourgeons mammaires (MR1 à MR5) entre le 12ème et le 14ème jour embryonnaire sont analysées chez des souris mutantes Gli3Xt-J/Xt-J et comparées à celles des souris sauvages.
Mise en place d’un logiciel spécifique d’analyse d’image automatique
Un protocole d’analyse d’images basé sur des journaux Metamorph (MolecularDeviceCorp.) et sur des scripts Matlab (MathWorks) permettent :
- De définir d’une manière semi-automatique
- la zone du bourgeon (p+c)
- la zone du cou (n)
- De définir d’une manière automatique toutes les autres zones (d.m. m.m. c, p, v.ect, d.ect)
- De visualiser les étapes de la segmentation pour faire du QC (quality control)
Les techniques d’analyse d’images utilisées dans cette études sont :
- Morphométrie mathématique
- Analyse par transformation en ondelettes
- Reconstruction 3D
- Contours actifs
Analyse statistique des paramètres morphologiques durant le développement
La figure suivante montre l’évolution du taux de cellules BrdU+ve positives (marqueur de prolifération) dans les sous-régions du bourgeon (cœur, périphérie et cou)
Analyse quantitative 3D en histologie
Les analyses ont été réalisées sur des coupes successives permettant la visualisation 3D des bourgeons (en rouge), les cellules BrdU+ve positives (en noir) et de l’épiderme (vert)
Références
Ectodermal influx and cell hypertrophy drive early growth of all five murine mammary rudiment pairs, and are differentially regulated among them by Gli3 (2011). May Yin Lee, Victor Racine, Peter Jagadpramana, Li Sun, Weimiao Yu, Tiehua Du, Bradley Spencer-Dene, Nicole Rubin, Lendy T. Le, Delphine Ndiaye, Saverio Bellusci, Klaus Kratochwil, and Jacqueline M. Veltmaat.
PLoS ONE 6(10):e26242 1-15. PMID:22046263, Epub: 2011 Oct 27; pdf.
Intéressé par des logiciels ou services ?
Logiciel pour échantillons histologiques
Détecte et quantifie automatiquement et facilement vos lames histologiques, sans nécessiter d’expertise en bio-informatique.
Logiciel pour organoïdes, sphéroïdes, cultures cellulaires et tissus 3D
Permet la segmentation 3D et l'analyse de criblage à haut contenu pour naviguer dans vos essais et étudier l'effet des médicaments
Service d'analyse et de caractérisation
- Analyse d'image d'études cliniques
- Caractérisation des effets de médicaments
- Détection automatique d'événements rares
Développement de logiciel pour l'imagerie biomédicale
- Solutions customisées avec une ergonomie UIX
- IA pour automatisation
- Industrialisation des analyses en laboratoires
QuantaCell, Hôpital Saint Eloi, IRMB
Contact
+33 (0) 9 83 33 81 90
80 av Augustin Fliche
34090 Montpellier, France