Histologie quantitative et analyse tissulaire

La quantification automatique des tissus consiste à reproduire à l’aide d’algorithmes l’interprétation des anatomo-pathologistes. Les sections de tissus sont disposées sur des lames de microscopie et digitalisées avec un scanner de lame. La quantification les images est une tâche difficile :

• Les images sont énormes : le scanner de lame génère des lames virtuelles combinant des milliers de champs microscopiques (tuiles) qui correspondent à l’échantillon de tissu entier
• Variabilité entre lames : les étapes d’inclusion, les étapes de coloration et les étapes d’acquisition peuvent entraîner des différences importantes entre des lames identiques. Il est donc important de traiter soigneusement les images afin de réduire les différences entre les lames. La normalisation interne peut aider à standardiser les couleurs et les intensités
• Plusieurs étapes de segmentation sont nécessaires pour obtenir une bonne quantification : segmentation de l’échantillon (pour supprimer l’arrière-plan de l’échantillon), segmentation de la structure tissulaire (zone épithéliale, zone nécrotique, lumens, lésions tissulaires), segmentation des cellules (intensité, forme, nombre) des taches)
• La visualisation des résultats n’est pas triviale : l’inspection visuelle de la quantification des lames est très importante et l’utilisateur doit vérifier les résultats à différentes résolutions. Il doit être capable de naviguer avec des outils ergonomiques pour zoomer, dézoomer et défiler l’image originale et superposer la segmentation résultante
• Dans de nombreux cas, l’analyse doit être guidée par l’expert ou l’anatomopathologiste. Ils définissent la région d’intérêt, incluent ou excluent les zones en fonction de leur compréhension. Il est donc important de combiner la quantification automatique avec la supervision d’un expert
  
  

Les lames histologiques et les TMA (Tissue MicroArray)

Une lame histologique peut contenir :