Segmentation des compartiments cellulaires

Segmentation adaptée à chaque organite

Chaque compartiment cellulaire a une morphologie propre, une structure fibreuse ne peut donc pas être segmentée de la même manière qu’un spot (kinétocore) ou une structure ronde (noyau). La détection d’un compartiment est un processus complexe qui nécessite de paramétrer finement les outils de segmentation pour récupérer correctement le signal fluorescent.

D’une manière générale, ces groupes de composants se segmentent de la même manière (liste non exhaustive) :

Fibres : filaments d’actine, microtubules, filaments intermédiaires, matrice extracellulaire
Compartiments complexes : appareil de Golgi, réticulum endoplasmique, chromosomes durant la mitose, fuseau mitotique, mitocondries, ribosome
Spots : endosomes, lysosomes, MOC, vacuoles, vésicules
Membrane : membrane cytoplasmique, membrane nucléaire

Exemples de segmentations adaptées du centrosome, du Golgi et du noyau

La segmentation des compartiments permet d’analyser leur morphologie (taille, forme, intensité, position dans la cellule) et leur position par rapport aux autres compartiments.

La figure suivante illustre la position des compartiments dans des cellules adhérentes sur des micropatterns. Les trois compartiments cellulaires sont segmentés séparément : le centrosome, l’appareil de Golgi et le noyau. La figure A montre chaque compartiment et sa segmentation. La figure B montre les distributions des compartiments dans l’espace (centrosome en vert, Golgi en rouge et noyau en bleu). La figure C représente les vecteurs noyaux-centrosomes et leurs directions.

Références

Anisotropy of cell adhesive microenvironment governs cell internal organization and orientation of polarity.Théry M, Racine V, Piel M, Pépin A, Dimitrov A, Chen Y, Sibarita JB, Bornens M. Proc Natl Acad Sci U S A, 103(52):19771-6, 2006.